內(nèi)設辦公室（計劃財務科）,、業(yè)務科技科、人事教育科（監(jiān)察審計科）、政策法規(guī)科4個職能科（室）,。設南平市氣象臺、南平市專業(yè)氣象服務中心,、南平市防雷中心,、南平市氣象科技開發(fā)中心4個直屬單位。延平區(qū)氣象局,、建陽市氣象局,、建甌市氣象局、順昌縣氣象局,、浦城縣氣象局,、松溪縣氣象局、政和縣氣象局,、邵武市氣象局,、光澤縣氣象局、武夷山市氣象局等10個縣（市）級氣象局和福建省建陽氣象雷達站,、建陽農(nóng)業(yè)氣象試驗站,。
