內(nèi)設(shè)辦公室、業(yè)務(wù)科技科,、政策法規(guī)科等3個(gè)職能科室。設(shè)莆田市氣象臺(tái)（莆田市海洋氣象臺(tái)）,、莆田市氣象科技服務(wù)中心,、莆田市防雷中心（莆田市防雷監(jiān)測(cè)技術(shù)中心）,、莆田市氣候資源開發(fā)中心4個(gè)直屬單位,。荔城區(qū)氣象局、秀嶼區(qū)氣象局,、仙游縣氣象局等3個(gè)縣（市）級(jí)氣象局,。
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