莆田市氣象局的前身為福建省閩候?qū)Ｊ鹬行臍庀笳?、福建省閩候?qū)^(qū)氣象區(qū)、福建省閩候?qū)^(qū)氣象臺,。1971年7月改稱莆田地區(qū)氣象臺,，1983年10月,，莆田地區(qū)撤區(qū)建市，莆田市氣象臺成立,，下設(shè)人秘科,、業(yè)務(wù)管理科、服務(wù)科,、天氣預(yù)報科,。1988年12月，莆田市氣象臺改稱為莆田市氣象局,，下設(shè)辦公室,、人事科、業(yè)務(wù)管理科,、服務(wù)科,、天氣預(yù)報科。1997年5月機構(gòu)改革,，下設(shè)氣象臺,、人秘科、科技服務(wù)與產(chǎn)業(yè)科,。2002年根據(jù)中編制委批復(fù)的《地方國家氣象系統(tǒng)機構(gòu)改革方案》和福建省氣象局批復(fù)的《莆田市國家氣象系統(tǒng)機構(gòu)改革方案》,，市氣象局內(nèi)設(shè)參照公務(wù)員管理的職能科（室）3個：辦公室（人事科）、業(yè)務(wù)科技科,、政策法規(guī)科,；直屬科級業(yè)務(wù)單位4個：莆田市氣象臺、莆田市氣象科技信息服務(wù)中心,、莆田市防雷中心,、莆田市氣候資源開發(fā)中心；并設(shè)立仙游縣氣象局,、荔城區(qū)氣象局,、秀嶼區(qū)氣象局3個縣（區(qū)）級氣象局,。1997年5月莆田市機構(gòu)編制委員會同意成立“莆田市防雷監(jiān)測技術(shù)中心”，人員編制核定10名,，經(jīng)費實行自收自支,。
1978年底莆田市氣象臺有干部職工35人（含1979年分離出的原莆田縣氣象站人員）。現(xiàn)有在職人數(shù)35人,，大學(xué)本科20人,，大學(xué)專科11人,，中專4人,，中共黨員18人，共青團員2人,。離退休黨員13人,。
