南昌市氣象局管理機構(gòu)實行上級氣象主管機構(gòu)與本級人民政府雙重領(lǐng)導(dǎo),，以上級氣象主管機構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)為主的管理體制，在上級氣象主管機構(gòu)和本級人民政府領(lǐng)導(dǎo)下,，根據(jù)授權(quán)承擔(dān)本行政區(qū)域內(nèi)氣象工作的政府行政管理職能,，依法履行氣象主管機構(gòu)的各項職責(zé)。
1988年9月6日,，經(jīng)南昌市人民政府和江西省氣象局協(xié)商,，成立南昌市氣象臺。為南昌市政府工作部門,，設(shè)在江西省氣象臺內(nèi),，臺長由省氣象臺領(lǐng)導(dǎo)兼任。實行省氣象局與南昌市政府雙重領(lǐng)導(dǎo),，以省氣象局領(lǐng)導(dǎo)為主的管理體制,。1989年1月1日對所轄四縣氣象局實行管理。1996年4月29日,，更名為南昌市氣象管理局,。1997年8月15日，更改為南昌市氣象局,。2004年8月14日,，經(jīng)江西省氣象局、南昌市人民政府研究,，決定組建獨立的南昌市氣象局,，仍實行省氣象局與南昌市政府雙重領(lǐng)導(dǎo)，以省氣象局領(lǐng)導(dǎo)為主的管理體制,。
南昌市氣象局的機構(gòu)規(guī)格為正處級,；其下設(shè)管理機構(gòu)有辦公室（人事教育科,、計劃財務(wù)科,、監(jiān)察審計科），業(yè)務(wù)科技科（人工影響天氣領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室）,，政策法規(guī)科（雷電防護(hù)管理局）3個職能科（室）,，為正科級；直屬正科級事業(yè)單位3個,，分別是：南昌市氣象臺,，南昌市觀象臺,，南昌市氣象科技服務(wù)中心。
南昌市所屬南昌,、新建,、安義、進(jìn)賢四縣氣象局,，實行局,、站合一，其機構(gòu)規(guī)格為正科級,。南昌縣氣象局（省農(nóng)業(yè)氣象試驗站,、南昌農(nóng)田生態(tài)環(huán)境監(jiān)測站），進(jìn)賢縣氣象局,，新建縣氣象局,，安義縣氣象局?？h氣象局內(nèi)設(shè)辦公室（雷電防護(hù)管理局）,、氣象業(yè)務(wù)室（氣象臺）、氣象科技服務(wù)中心,、防雷裝置質(zhì)量檢測檢驗分所,，分別履行縣級氣象主管機構(gòu)的各項職責(zé)，并承擔(dān)氣象業(yè)務(wù),，開展氣象服務(wù)工作,。
